扇貝是濾食者，能夠攝取懸浮在水柱中的活性和惰性顆粒。在養殖過程中，扇貝的食物主要含有浮游植物，這些浮游植物要么是在某個地點自然產生的，要么是人工養殖的。對于哪些種類的浮游植物對誘導生長（尤其是內收肌的生長）最有效，已經進行了大量的研究。最近，隨著封閉式養殖技術的增加，大量的工作都集中在開發一種比傳統飼料更具成本效益的人工微藻替代品。

微藻培養也可以被控制，以生產出更理想的蛋白質、脂肪和碳水化合物的藻類，這方面正在進行大量的工作。此外，用于扇貝養殖的微藻通常含有高水平的維生素，如維生素C。扇貝的飲食需求因物種和生活階段而異。例如，增加親魚的微藻飼料中的蛋白質含量已被證明可以縮短產卵成熟的時間并增加繁殖力。在喂食高蛋白飼料的幼體中觀察到了類似的生長和存活的積極結果。然而，仍有推測認為脂類對扇貝幼蟲也非常重要。

疾病、寄生蟲和藻毒素

疾病
與任何水產養殖物種一樣，疾病（和寄生蟲）的發病率會因個體的接近而擴大。扇貝養殖中疾病的發生被認為是溫和的[2]和不被充分理解的；但是，中國生產的法雷爾扇貝（Chlamys farreri）在20世紀90年代被馬拉科佩氏病毒（malaceorpesviridae）摧毀。數據庫正在收集，工業和研究機構正在合作，以改進防止未來暴發的努力。

寄生蟲
寄生蟲和疾病也有類似的情況：現階段對扇貝寄生蟲知之甚少，鑒定的也很少。截至2006年，尚未有寄生蟲導致的大規模死亡報告。只有17種寄生蟲和共生體被描述為與扇貝有關。

藻類毒素
藻毒素的出現通常與特定水體有關，在建立養殖場時必須加以考慮，因為許多來自有毒藻類的藻毒素會對受感染肉類的消費者產生有害影響。關于扇貝養殖，據報道，有兩類毒素：麻痹性貝類中毒（PSP）和遺忘性貝類中毒（ASP）。在大西洋西北部的麥哲倫島，PSP已經被報道了很多年，因此在培養過程中必須考慮到，特別是據報道，麥哲倫蟲是一種緩慢解毒的毒素。天冬氨酸是一些海洋硅藻產生的神經毒素，在西北大西洋的扇貝中也有報道（Bird&Wright，1989）。二價貝類毒素（DSP）也被認為是一個潛在的問題，但是在扇貝養殖中還沒有報道。dsp引起人類胃腸道疾病，是由甲藻產生的，可以被扇貝攝取。

環境影響

與人們對許多水產養殖的負面影響的普遍看法相反，在世界許多地區，扇貝養殖（以及其他貝類養殖實踐）被認為是一種可持續的做法，可以產生積極的生態系統影響。濾食性雙殼類動物去除水柱中的懸浮固體、不需要的營養物、淤泥、細菌和病毒，從而提高水體透明度，進而改善中上層和底棲生態系統，特別是通過促進海草等植被的生長。

考慮到這一點，這種積極的影響是非常具體的，扇貝養殖可以在其他一些地區造成的主要負面環境影響之一是水體的富營養化。這一點在俄羅斯得到了很好的證實，在那里，扇貝在部分封閉的海灣中養殖，導致了富營養化，從而改變了中上層和底棲群落的物種組成以及結構和功能。監測表明，農場解散后，生態系統在5-10年內就恢復了。這與大量數據一致，表明雙殼類水產養殖活動導致各種環境變化，包括水文狀況、生態群落（包括浮游生物群落）、水體生化組成、生物沉積物和無脊椎動物定居的變化。此外，水產養殖場是視覺污染的一個來源，因此在人口稠密的沿海地區經常引起公眾的反對。

成品扇貝

扇貝生長，收獲和加工后，主要的最終產品是肉，它通常僅由內收肌（新鮮或冷凍）組成。 然而，出售仍附有卵子的肌肉并出售整只動物（主要在北美）變得越來越普遍。 因此，該行業現在生產三種不同的產品。

盡管活扇貝的保質期有限，但該產品的銷售使扇貝養殖者能夠出售較少的扇貝，從而增加現金流量。 高質量的扇貝肌肉可能會要求較高的市場價格，價格會隨產量，野生扇貝漁業的成功以及其他許多全球因素而波動。